El sistema de humedales del río Maullín se ubica geográficamente en las coordenadas relativas a los 41°S con 73°W, y corresponde a cuatro áreas interconectadas ecológicamente por el mismo río, que suman 8.150 ha de humedales.
La primera zona comienza del nacimiento del río en el lago Llanquihue hasta la zona media-baja (por el norte hasta Punta Lolcura y por el sur Estero Cariquilda), más otros tres humedales ubicados en la zona baja del río, como: el Amortajado, Quenuir alto y Quenuir bajo (que incluye laguna Quenuir y Las Lajas).
Administrativamente, el Santuario de la Naturaleza limita con cinco comunas; Llanquihue, Puerto Varas, Puerto Montt, Los Muermos y Maullín, todas ubicadas dentro de la Provincia de Llanquihue, en la Región de Los Lagos, sur de Chile.
